提速近10倍！基于深度学习的全基因组选择新方法来了******

　　近日，中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用，将助力深度学习在全基因组选择中的应用，为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物（Molecular Plant）》上。

　　全基因组选择作为新一代育种技术，通过构建预测模型，根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择，从而缩短育种世代间隔，加快育种进程，节约成本，推动现代育种向精准化和高效化方向发展。

　　统计模型作为全基因组选择的核心，极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型，难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。

　　相较于传统模型，非线性模型（如深度网络神经）具备分析复杂非加性效应的能力，人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机，深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。

　　该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料，通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。

　　与其他五种主流预测方法相比，该方法有以下优点： 可以利用多组学数据开展全基因组预测；算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构，可以有效降低模型错误率，提高运行速度；预测精度稳健，在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当，在大规模数据集上预测优势更加明显；计算时间与传统方法相近，比已有深度学习方法提速近10倍；超参数调整对用户更加友好。

　　该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。

学术支持

中国农业科学院作物科学研究所

记者

宋雅娟

黄河上游青海循化“菜篮”飘香******

　　(新春走基层)黄河上游青海循化“菜篮”飘香

　　中新网西宁2月2日电 题：黄河上游青海循化“菜篮”飘香

　　作者 李晓娟 李隽

　　立春将至，在位于黄河上游的青海省海东市循化撒拉族自治县，黄河彩篮蔬菜种植基地的各类瓜果蔬菜的清香扑鼻。

　　地处黄河、湟水谷地的海东市是青海最大的农业区，粮食生产占全省一半以上，蔬菜供给占全省近一半。

　　多年来，随着消费水平的不断提高和短途游的火热兴起，来黄河彩篮蔬菜种植基地现场采摘已成为不少民众的过冬仪式感。

　　每年12月中旬到春节前后，是黄河彩篮冬季温室采摘的旺季，每到周末，种植户魏晋宝的蔬菜大棚里前来采摘的群众便络绎不绝。

　　“我们老家在甘肃省白银市靖远县，整个村里的人都在全国各地种大棚蔬菜。知道循化这边有温室大棚可以承包我们就过来了。”魏晋宝边整理甜瓜秧苗边告诉记者，循化地处黄河岸边，昼夜温差大，土质较好，所以甜瓜、西瓜的甜度高，在循化的这些年，他的大棚得越来越好了。

　　甜瓜棚内，翠绿的甜瓜将瓜秧拉低了不少。随意掰开一个甜瓜，咬一口，脆嫩香甜。连皮带瓤都能吃的甜瓜现已成为该基地的采摘“新宠”。

　　从2017年开始，魏晋宝就在黄河彩篮种植基地里面承包了15个大棚种植蔬菜瓜果。今年，他种植的主要是甜瓜、西瓜和陇椒。甜瓜采摘一斤15元，西瓜一斤8元，每年，魏晋宝的甜瓜都能在温棚里采摘完，西瓜虽是今年第一次种植，但销路根本不用愁。

　　“当地人喜欢吃水果，冬天来采摘的人也很多，每年12月中旬到来年6月，甜瓜都能一茬接着一茬地采摘。”魏晋宝说。

　　在黄河彩篮种植基地，像魏晋宝这样远道而来的外地种植户有40多户，还有30户本地种植户，基地长期辐射带动200名村民务工，每人每年增收近2.5万元。

　　马林芝就是通过务工学到种植技术、积累种植经验后，2019年她和丈夫来到黄河彩篮种植基地承包了10栋温室大棚。每到辣椒种植、采收的旺季，他们就要雇用周边村庄的30名妇女前来务工，帮助他们尽快完成种植或采摘。

　　“一个人一小时10元钱，不仅他们能挣上钱，我的辣椒也不会耽误好行情。”马林芝说：“以前我们也外出当小工，不稳定，一年最多能挣三四万元，种上大棚后，虽然辛苦一点，但是收入也高一些，离家也近。眼下辣椒已经采收了第二茬，除了采收，她每天的工作还有给辣椒“绕头”。

　　“要把这个秧子的头绕一圈缠到育苗线上，不然秧子就会掉下来，辣椒就不好结了。”马林芝说。

　　2022年，为了更好地服务广大种植户，打响“黄河彩篮”农业品牌，黄河彩篮种植基地完成5000米的主干道黑化工程，购置旋耕机、割草机等农机具，完成40栋温棚的旧棚改造工作。

　　“去年疫情防控期间，蔬菜瓜果都没办法及时运出，我们都特别着急，管委会第一时间联系了相关部门，让我们的蔬菜瓜果卖出去了。”魏晋宝说，现在管委会想方设法牵线搭桥，联系本地“网红”主播过来直播增加知名度，采摘的客流量又多了起来。

　　如今，拥有600栋日光节能温室、2万平方米智能温室的黄河彩篮已成为名副其实的“菜篮子”，每天从这里运向市场的蔬菜瓜果达2万余斤，每年10个月不间断的蔬菜瓜果产出让黄河岸边的这方水土生机勃勃。(完)